有人擔憂微波會破壞食物的細胞結構而導致食用後傷人的免疫系統，但是任何烹煮均會損傷食物細胞，微波並不特別，何況人的消化系統自然破壞食物的細胞！微波加熱食物比傳統諸如烤炸加熱，更不可能導致食物分子變化；若擔心煮食物致毒，就不要用烤的，因其高表溫方式會改變食物化學變化、導致美味和稍微毒性。微波爐更適於再熱而非煮食物。微波的釋出和吸收以「光子」進行，其能量太小而無法打斷分子鍵或導致分子的化學重組。    

        爐內壁使用金屬，其表面如同鏡子般反射微波，至於爐內壁塗漆（又薄又不導電）裝飾成分居多。許多人以為微波爐爐門半透明又有孔徑，擔心微波跑出來傷人，例如，傷眼導致白內障。其實，根據物理學原理，爐門是金屬網窗，網窗尺寸遠小於微波波長（12公分），其效果猶如堅實金屬壁，而將微波反射，保持在爐內，這很好，因為我們希望微波均給食物吸收而加熱。

         若金屬物質太薄或有尖銳的邊或點，放在微波爐中就會出問題，因為微波會激發此金屬中的電荷，若金屬太薄就會像電燈中的白熱絲般熱起來，若金屬有尖銳的邊或點，其上的電荷會累積而產生火花。通常，湯匙厚厚又有圓邊，不會加熱或產生火花。但是，對食物而言，放支湯匙會稍為改變微波方向（也許稍微影響食物的加熱情況）。鋁箔是電的導體，放在微波爐中，微波的電場導致鋁箔中的電流，若鋁箔夠厚，就不會有麻煩；但若很薄，流經鋁箔的電流可能超出其負荷（對於狹長片尤其是），就會變得很熱。若將食物包在鋁箔中，因為鋁箔會反射微波，食物將不會受熱。微波爐的燈泡總是在爐腔外，因為它包含一些金屬，若放在爐內會導致麻煩。另外，精美瓷器上的金屬花飾可能熱得將瓷器弄壞。

      國內謠傳從事微波工作者的太太「只生女孩，甚至生不出孩子」。其實，微波不會選擇性地傷到精子或製造精子而只生男的不生女的。若暴露在大量和強烈的微波下有可能影響健康、也許導致暫時或永久不孕，但是起始症狀不會是不孕；若微波工程師不覺得痛或熱，就遭逢像不孕這樣微妙的傷害，只是迷思。這些生育問題的擔憂只是謠言。